Thomas Machtinger wurde 1973 in Eisenstadt geboren und erhielt mit zwölf Jahren den ersten Oboenunterricht bei Helmut Mezera am Joseph Haydn-Konservatorium in Eisenstadt. Anschließend studierte er an der Universität für Musik und darstellende Kunst in Wien in der Klasse von Manfred Kautzky und Klaus Lienbacher.

1995 wurde er Mitglied des Gustav Mahler Jugendorchesters, substituierte an der Wiener Staats- und Volksoper, bei den Wiener Philharmonikern sowie im Niederösterreichischen Tonkünstlerorchester und wurde 1998 im Radio Symphonie Orchester Wien engagiert. Seit Oktober 2006 ist Machtinger Mitglied der Wiener Symphoniker.