Michael Günther wurde 1975 in Würzburg geboren. Mit sechs Jahren erhielt er den ersten Violoncello-Unterricht. Ab 1991 war er Jungstudent an der Staatlichen Hochschule für Musik Würzburg bei Prof. Ksenija Jankovic und Janos Török. 1995 spielte er als Solocellist im deutschen Bundesjugendorchester.
Nach dem Abitur begann er 1995 das Violoncello-Studium bei Prof. Rudolf Gleißner an der Staatlichen Hochschule für Musik und Darstellende Kunst Stuttgart.

1998 gründetet er mit Kommilitonen das Kammerorchester „Ensemble Urlicht“ und das Ariosa Quartett Stuttgart. 1999 bis 2003 war Michael Günther Stipendiat der renommierten Studienstiftung des Deutschen Volkes.

Wichtige künstlerische Impulse erhielt er auf Meisterkursen von Prof. David Geringas und Prof. Frans Helmersson.
Im Jahr 2000 setzte er sein Studium bei Prof. Valentin Erben (Alban Berg Quartett) an der Musikuniversität Wien fort.
Ein Stipendium der Landessammlung Streichinstrumente Baden Württemberg ermöglichte ihm, bis 2006 ein Violoncello von J. B. Vuillaume (1830) zu spielen.

Nach erfolgreicher Diplomprüfung wurde er 2002 aufgenommen in die Solistenklasse von Prof. Rudolf Gleißner an der Stuttgarter Musikhochschule, die er 2005 „mit Auszeichnung“ absolvierte.
Seit 2004 ist Michael Günther Cellist der Wiener Symphoniker.

2006 wurde ihm ein Zeitvertrag als Solocellist der Wiener Symphoniker offeriert.

Michael Günther ist seit 2020 Geschäftsführer der SYMPHONIA-Wiener Symphoniker Tonaufnahme ges.m.b.h. und des Studios Wiener Symphoniker.